Extraordinario bailarín y coreógrafo, el Premio Nacional de Danza en el año 2000 fue uno de los fundadores del Ballet Nacional de Cuba (BNC) y profesor de la Escuela Cubana de Ballet. Fue, además, el fundador del Ballet de Camagüey.
Junto a su hermano Alberto y a su compañera de vida, la prima ballerina assoluta Alicia Alonso (1920-2019) creó el 28 de octubre de 1948 el Ballet Alicia Alonso, hoy BNC, que dirigió hasta 1974.
En la Escuela Cubana de Ballet sentó las bases de la metodología de la enseñanza de esa disciplina en Cuba y sus primeros programas de estudios, en coordinación con Alicia Alonso y bailarines del BNC.
Dicha institución tuvo como antecedente la creación, en 1950, de la Academia de Ballet Alicia Alonso, donde se formó como maestro y pedagogo el propio Fernando y la primera generación de bailarines cubanos.
En 1937 debutó como bailarín en la Compañía Mordking Ballet y posteriormente fue contratado por el American Ballet Caravan, dirigido por George Balanchine; el American Ballet Theatre y el Ballet Ruso de MonteCarlo.
Alonso trasladó sus conocimientos a países como Rusia, Francia, Bélgica, Bulgaria, Canadá, Estados Unidos, México, Colombia y a importantes compañías, escuelas y academias.
En 1975 fue nombrado director del Ballet de Camagüey y en 1992 de la Compañía Nacional de Danza de México.
Su última presentación como bailarín fue en 1956, en una función pública en el Stadium de la Universidad de La Habana, en el rol masculino central de «Las sílfides».
Por su virtuosismo en escena y detrás de ella mereció, entre diversos reconocimientos, el premio Benois de la dance, en 2008.
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